انطلقت مسيرة كلية البنات جامعة الأحقاف عام 1997-1998 بمدينة المكلا محافظة حضرموت، وتعتبر الكلية الرابعة من حيث الإنشاء، وتضم اربعة اقسام علمية هي قسم الدراسات الإسلامية، وقسم اللغة العربية وقسم هندسة الحاسوب، وقسم اللغة الإنجليزية،.
وقد شهدت الكلية منذ نشأتها نموا وتطورا ملموسين تحت إشراف هيئة تعليمية على أعلى المستويات.
وقد تخرجت من الكلية حتى الان سبعة عشر دفعه تخصص دراسات إسلامية بينما تخرجت ودفعة واحدة تخصص لغة عربية، وتسع دفع تخصص هندسة حاسوب وخمس دفع تخصص لغة انجليزية.